Керівництво
| Генеральний директор |
| Заступник генерального директора з впровадження системи управління якістю |
| Заступник генерального директора з епідеміологічного нагляду за неінфекційними хворобами |
| Заступник генерального директора з економіко-правових питань |
| Відділ епідеміологічного нагляду(спостереження) та профілактики інфекційних хвороб |
| Відділення дезінфектології |
| Відділення мікробної резистентності тв інфекційного контролю |
| Відділ імунопрофілактики |
| Санітарно-карантинний відділ |
| Відділ епідеміологічного нагляду(спостереження) та профілактики неінфекційних хвороб |
| Відділ моніторингу та реагування на небезпеки |
| Відділ досліджень фізичних та хімічних факторів: |
| Санітарно-гігієнічна лабораторія |
| Лабораторія радіологічних досліджень та інших фізичних факторів |
| Відділ дослідження біологічних факторів: |
| Бактеріологічна лабораторія |
| Вірусологічна лабораторія |
| Лабораторія особливо небезпечних інфекцій |
| Паразитологічна лабораторія |
| Відділ комунікації та інформаційно-роз'яснювальної роботи |
| Відділ діловодства |
| Відділ бухгалтерського обліку та звітності |
| Відділ правового забезпечення |
| Відділ кадрового забезпечення |
| Адміністративно-господарський відділ |
Відокремлені структурні підрозділи
| Вараський районний відділ |
| Володимирецьке відділення |
| Зарічненське відділення |
| Дубенський районний відділ |
| Млинівське відділення |
| Радивилівське відділення |
| Рівненський районний відділ |
| Гощанське відділення |
| Корецьке відділення |
| Костопільське відділення |
| Березнівське відділення |
| Острозьке відділення |
| Сарненський районний відділ |
| Дубровицьке відділення |
| Рокитнівське відділення |